平成20年に部分的な発掘調査を実施行い、大規模な石垣、常滑焼の大甕を埋設した遺構、建物跡らしい小穴群がみつかり、遺跡が良好に残されていると予想されたことから、全域を対象に調査を実施しました。
能仁寺川は谷の上方（西半部）では谷の南側を流れていますが、なかほどで谷を横断して北側に流れを変えます。谷奥から能仁寺川横断個所までを全面発掘したところ、五輪塔の残骸が多数出土するとともに、２基の中世墓が残されていました。
能仁寺川横断個所より下流側（東方）は、段差をもって平坦地が２カ所ににわかれ、調査したところ、両方にまたがって方形基壇が検出されました。ここが寺院の中心部と考えられます。方形基壇の東辺からは山門跡とみられる遺構と、そこから東へ伸びる参道とこれに沿って築かれた大規模な石垣がみつかりました。
